เดิมเป็นหน่วยงานขึ้นอยู่กับด่านตรวจคนเข้าเมืองท่าเรือกรุงเทพ ขึ้นอยู่ในสังกัดกองตรวจคนเข้าเมือง 3 สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ซึ่งจัดตั้งตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทวงมหาดไทย (ฉบับที่ 22) พ.ศ.2536 ลงวันที่ 11 ตุลาคม 2536

วันที่ 19 มกราคม 2539 ตั้งด่านตรวจคนเข้าเมืองแม่กลอง (ตม.แม่กลอง) ให้รับผิดชอบพื้นที่จังหวัดสมุทรสาคร และจังหวัดสมุทรสงคราม โดยมีช่องอนุญาตบริเวณท่าเรือแม่กลอง และท่าเรือมหาชัย โดยมี "สารวัตร" เป็นหัวหน้า อัตรากำลังทั้งสิ้น 14 ตำแหน่ง

วันที่ 23 มกราคม 2539 ได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทยให้เปลี่ยนชื่อ "ด่านตรวจคนเข้าเมืองแม่กลอง" เป็น "ด่านตรวจคนเข้าเมืองสมุทรสาคร"เมื่อได้รับการยกฐานะเป็นด่านตรวจคนเข้าเมืองสมุทรสาคร เริ่มแรกยังไม่มีที่ทำการด่านเป็นของตนเองจึงใช้วิธีเช่าอาคารของเอกชนเป็นที่ทำการ ตั้งอยู่เลขที่ 1902/100 ถ.เอกชัย ต.มหาชัย อ.เมือง จ.สมุทรสาคร

วันที่ 17 มิถุนายน 2548 สำนักงานตำรวจแห่งชาติ มีคำสั่งที่ 422-424/2548 แต่งตั้งข้าราชการ ตำรวจดำรงตำแหน่งตามโครงสร้าง ส่วนราชการใหม่ในส่วนของด่านตรวจคนเข้าเมืองสมุทรสาคร ยกฐานะหัวหน้าด่านจาก "สารวัตร" เป็น "รองผู้กำกับการ"

วันที่ 19 กันยายน 2550 ที่ประชุม ก.ตร.มีมติให้ "รองผู้กำกับการ" ที่ทำหน้าที่หัวหน้าด่าน เปลี่ยนชื่อตำแหน่งเป็น "สารวัตรใหญ่" และเมื่อวันที่ 4 ตุลาคม 2549 ได้ย้ายที่ทำการมาเช่าอาคารของเอกชนเลขที่ 1600/117-118 ถ.ท่าปรง ต.มหาชัย อ.เมือง จ.สมุทรสาคร

วันที่ 7 กันยายน 2552 สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ได้ปรับโครงสร้าง "ด่านตรวจคนเข้าเมืองสมุทรสาคร" ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดสมุทรสาคร" ขึ้นตรงกับ กองบังคับการตรวจคนเข้าเมือง 3 มี "สารวัตรใหญ่" เป็นหัวหน้า ตม.จว. มีกำลังพลทั้งสิ้น 22 นาย

วันที่ 5 เมษายน 2555 สำนักงานตรวจคนเข้าเมืองได้ปรับโครงสร้างตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดสมุทรสาครจาก "สารวัตรใหญ่" เป็น "ผู้กำกับการ" เป็นหัวหน้า ตม.จว. มีกำลังพลตามโครงสร้างใหม่ ทั้งสิ้น 54 นาย

Superintendent

พันตำรวจเอก เดชรพี คงดี
Pol.Col.Dejrapee Kongdee
ผู้กำกับตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดสมุทรสาคร
Superintendent of Samutsakhon Immigration