ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดสมุทรสาคร มีหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการปฏิบัติงานตาม พ.ร.บ.คนเข้าเมือง พ.ศ.2522, พ.ร.บ.ป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์ พ.ศ.2551 และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งงานที่ได้รับมอบหมายตามกฎ ระเบียบ ข้อบังคับและคำสั่งของผู้บังคับบัญชา
ภารกิจและหน้าที่ตามพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการ พ.ศ.2522

1. งานอำนวยการ

2. งานด้านบริการ

3. งานด้านความมั่นคง

4. งานตรวจบุคคลและพาหนะ (เรือ)